Zakończone projekty EU
iCoViP – International Collection of Virtual Patients (2021-2023)
Celem projektu iCoViP była budowa i upowszechnianie zbioru wirtualnych pacjentów (VP), podyktowana głównie zwiększonym zapotrzebowaniem na wykorzystanie VP w edukacji medycznej w różnych krajach w Europie i poza nią, podczas pandemii COVID-19. Naszymi partnerami były instytucje z pięciu krajów: University Augsburg (Niemcy, koordynator), Ludwig Maximilian University of Munich (Niemcy), University of Zaragoza (Hiszpania), University of Porto (Portugalia), University Paris-Saclay (Francja). W czasie trzyletniej współpracy powstała kolekcja 200 wirtualnych pacjentów w sześciu językach europejskich: angielskim, niemieckim, polskim, hiszpańskim, francuskim i portugalskim. Jako rezultat projektu zostały również wydane wytyczne i najlepsze praktyki dla nauczycieli i osób zarządzających programami nauczania, dotyczące sposobu włączenia VP do programu nauczania.
MRAME – Mixed Reality Supporting Advanced Medical Education – a new method of teaching medical skills (2020-2023)
Koordynatorem projektu był Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum. Współpracowaliśmy z pięcioma uczelniami europejskimi: Erasmus Universitair Medisch Centrum Rotterdam (Holandia), Universita Cattolica Del Sacro Cuore (Włochy), Palacky University in Olomouc (Czechy), Universita Degli Studi Di Ferrara (Włochy), Stichting Katholieke Universiteit (Holandia).
DID-ACT – Developing, implementing, and disseminating an adaptive clinical reasoning curriculum for healthcare students and educators (2020-2022)
Rozumowanie kliniczne jest złożoną umiejętnością, którą studenci nauk medycznych powinni zdobyć w czasie studiów, a następnie dalej rozwijać. W skład tej umiejętności wchodzi zastosowanie wiedzy w celu zbierania i integracji informacji z wielu źródeł celem dokonania trafnego rozpoznania i właściwego wdrożenia leczenia. Ze względu na wieloczynnikowy charakter i elementy wykonywane podświadomie, jest to umiejętność zarówno trudna w nauce, jak i w nauczaniu. Brak tej umiejętności jest głównym powodem błędów poznawczych w opiece nad pacjentem, które wpływają na dokonywanie nietrafnych rozpoznań, oraz które stanowią zagrożenie dla bezpieczeństwa pacjenta i zwiększają koszt opieki zdrowotnej. Pomimo dużej wagi, wciąż brakuje ustrukturyzowanych i jasno sprecyzowanych planów wdrożenia nauczania i oceny tej umiejętności w programach studiów.
Celem projektu DID-ACT było wypełnienie powyższej luki dzięki konceptualizacji, opracowaniu, ocenie i upowszechnieniu programu nauczania rozumowania klinicznego dla studentów nauk medycznych oraz kursu dla instruktorów na temat sposobów nauczania rozumowania klinicznego. W projekcie zostały wykorzystane najlepsze praktyki w nauczaniu i ocenie zaczerpnięte z teorii rozumowania klinicznego, które łączą metody edukacji on-line i tradycyjne, w celu osiągnięcia optymalnych efektów. Aby ułatwić upowszechnienie programu, plan nauczania posiada modularną i otwartą strukturę, łatwą w adaptacji do istniejących programów studiów.
BCIME – Building Curriculum Infrastructure in Medical Education (2018-2021)
Celem projektu BCIME było opracowanie nowoczesnego systemu informatycznego do planowania i optymalizacji programu studiów. W skład systemu wchodzą następujące części:
- Wytyczne do planowania opartych na efektach nauczania programów studiów na kierunkach medycznych.
- Internetowa platforma do zarządzania programem studiów, w pełni zgodna z międzynarodowymi standardami wymiany danych dotyczących programów studiów medycznych w celach przeprowadzania analiz porównawczych oraz badań w zakresie edukacji.
- Zbiór dobrych praktyki w zakresie walidacji programu studiów.
W ramach projektu powstał internetowy system zarządzania programem studiów „eduPortfolio”. Za pomocą opracowywanej platformy zostały opisane wybrane fragmenty programu studiów (np. anatomii, umiejętności komunikacyjnych) stosując technologie internetowe i metodologie nauczania opartego na efektach uczenia się. Stworzyło to bazę do efektywnych przekształceń i podsumowań planów studiów medycznych.
Naszymi partnerami w projekcie były następujące uczelnie: jako koordynator Uniwersytet Pavla Jozefa Šafárika w Koszycach (Słowacja), Uniwersytet Masaryka w Brnie (Czechy), Uniwersytet w Augsburgu (Niemcy), Uniwersytet Medycyny i Farmacji im. Grigore T. Popa w Jassy (Rumunia)
EuChina
EuChina (2006 – 2008) – zespół bioinformatyki uczestniczył w projekcie europejskim o nazwie EuChina. Projekt ten zakładał ujednolicenie systemu gridowego Europy i Chin. Uczestnikami tego projektu były następujące państwa i instytucje: Beihang University, Beijing (China) · CNIC (China) · IHEP, Beijing (China) ·Peking University, Beijing (China) · GRnet (Greece) ·Consortium GARR (Italy) · Department of Biology, Università di Roma3 (Italy) · INFN (Italy) · Jagiellonian University in Krakow (Poland) · CERN (Switzerland). Zadaniem naszego zespołu było wykonanie obliczeń wielkoskalowych dla zagadnień biologicznych. We współpracy z uniwersytetem Roma Tre w Rzymie przewidywaliśmy struktury białek o sekwencji nie dłuższej niż 60 aminokwasów. Zespół uniwersytetu Roma Tre wykonywał obliczenia wg programu ROSETTA. Zespół krakowski wg modelu „fuzzy oil drop”. Sekwencje aminokwasowe były generowane w systemie random. Oczekiwano, że w tej dużej (10 tys sekwencji wygenerowano) znajdują się białka o aktywności biologicznej, które mogą mieć zastosowanie w farmakologii.
eViP
eViP (2007-2010)
Współfinansowany przez Unię Europejską program budowy międzynarodowej bazy wirtualnych pacjentów. W wyniku działań projektu powstało publicznie dostępne internetowe repozytorium 320 edukacyjnych kazusów medycznych. Prezentowani wirtualni pacjenci są efektem adaptacji do lokalnych warunków uczelni uczestniczących w projekcie materiałów e-nauczania pochodzących z różnych krajów europejskich (http://www.virtualpatients.eu/referatory). Wirtualni pacjenci projektu eViP dostępni są we wspólnym formacie danych: MedBiquitous Virtual Patient, który interpretowany jest przez wiele systemów wirtualnych pacjentów w Europie: m.in. Campus, CASUS, OpenLabyrinth i Web-SP.
W ramach projektu współpracowaliśmy z: – St George’s University of London (Wielka Brytania) – koordynator projektu, Karolinska Institutet (Szwecja), Ludwig-Maximilians-Universität München (Niemcy), University of Warwick (Wielka Brytania), Maastricht University (Holandia), University of Heidelberg (Niemcy), University „Iuliu Hatieganu” Cluj-Napoca (Rumunia), Universität Witten/Herdecke (Niemcy)
Pomimo, iż projekt eViP zakończył się w roku 2010, Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny nadal prowadzi intensywną współpracę w dziedzinie budowy i zastosowań wirtualnych pacjentów z uczestnikami projektu eViP, w szczególności z Uniwersytetem Ludwika-Maksymiliana w Monachium i Instytutem Karolinska w Sztokholmie.
COST
COST Action BM0601 (2008-2011): Advanced Methods for the Estimate of Human Brain Activity and Conectivity (NeuroMath)
Głównym celem projektu COST BM0601 NeuroMath jest rozwój badań dotyczących matematycznych metod umożliwiających opis aktywności kory mózgowej. Metody te znajdują zastosowanie w nieinwazyjnych technikach obrazowania mózgu tj. EEG i fMRI. Projekt NeuroMath skierowany jest na rozwiązywanie zagadnień związanych z analizą aktywności neuronalnej podczas wykonywania określonych zadań angażujących procesy poznawcze. NeuroMath oferuje interdyscyplinarną platformę współpracy dla młodych naukowców z różnych dziedzin tj. psychologii, neuroinformatyki, neurobiologii, biochemii, matematyki, fizyki i inżynierii biomedycznej. W projekcie NeuroMath biorą udział naukowcy z 14 krajów: Austrii, Belgii, Danii, Finlandii, Francji, Grecji, Holandii, Niemiec, Polski, Szwajcarii, Turcji, Węgier, Włoch i Wielkiej Brytanii. Przewodniczącym komitetu naukowego jest Prof. Fabio BABILONI (University of Rome Sapienza).
W ramach COST BM0601 NeuroMath w Zakładzie Bioinformatyki i Telemedycyny był realizowany projekt „Rola grzbietowobocznej kory przedczołowej w generowaniu skokowych ruchów gałek ocznych. Analiza wielorozdzielcza potencjałów wywołanych za pomocą przekształceń falkowych.” Zasadniczym celem projektu jest określenie roli grzbietowobocznej kory przedczołowej w generowaniu ruchów skokowych oczu (sakad). Poszukiwane są charakterystyczne wzorce aktywności grzbietowobocznej kory przedczołowej podczas wykonywania określonych zadań związanych z generowaniem sakad. Przy wykorzystaniu pomiarów EEG wysokiej rozdzielczości i sakadometru zostały skonstruowane specjalne testy ruchu gałek ocznych. W ramach projektu analizowane są charakterystyczne wzorce aktywności neuronalnej związanej z zaangażowaniem procesów poznawczych w generowanie ruchu sakadowego, jak również różnicowanie aktywności grzbietowobocznej kory przedczołowej w zależności od wykonywania różnych rodzajów sakad (m.in. antisaccades, anticipatory saccades, memory guides saccades). Wymiernym efektem badań jest poszerzenie wiedzy na temat związku pomiędzy aktywnością kory przedczołowej a funkcjonowaniem jąder podstawy.
Zakład Bioinformatyki i Telemedycyny brał udział również w następujących projektach COST:
COST Action B27 (2005-2009): Electric Neuronal Oscillations and Cognition (ENOC)
COST Action BM0605 (2008-2011): Consciousness: A Transdisciplinary, Integrated Approach
Konsorcjum TIM
POLONIUM (2012 – 2014)
jest to projekt kategorii współpracy bilateralnej: Polska-Francja. Uniwersytet Marie et Pierre Curie w Paryżu zaproponował nam współpracę w dziedzinie bioinformatyki. Projekt dotyczy konstrukcji modelu do identyfikacji roli jądra hydrofobowego w kształtowaniu struktury III-rzędowej białek.
